Las estrategias y planes de acción nacionales en materia de diversidad biológica (EPANDB) son los instrumentos principales para la aplicación del Convenio a nivel nacional (artículo 6). El Convenio pide a los países que preparen una estrategia nacional en materia de diversidad biológica (o un instrumento equivalente) y que se aseguren de que esta estrategia se integre a la planificación y las actividades de todos los otros sectores cuyas actividades pueden tener un impacto (positivo o negativo) en la diversidad biológica.

Según el Diagnóstico Participativo sobre el Estado de la Biodiversidad en Costa Rica, el principal problema que enfrenta el país es la pérdida y deterioro de la biodiversidad, lo que a su vez repercute en el bienestar humano actual y futuro.

Se pueden apreciar señales de alerta en cuatro niveles principales:

• Ecosistemas: pérdida de cobertura de manglares, a la vez que gran cantidad de acuíferos y ríos presentan contaminación y deterioro.
• Especies: amenaza a especies nativas forestales maderables y no maderables, aves marinas, peces y crustáceos.
• Recursos genéticos: pérdida de especies forestales nativas, parientes silvestres de cultivos como frijol y poblaciones aisladas de mamíferos.
• Elementos intangibles: el conocimiento y la práctica tradicional se han perdido en cierto grado en comunidades locales o grupos indígenas.

Ante la situación actual de la biodiversidad se hace necesario brindar una respuesta que esté a la altura del desafío que implica revertir su deterioro y lograr un cambio sustancial para bien. Para esto se creó una estrategia innovadora, con un plan de acción que operacionaliza la Política Nacional de Biodiversidad 2015-2030 y permite un monitoreo frecuente para dar seguimiento a su avance.